哈工大报讯(生命 文/图)近日,生命学院张岩教讲课题组在超等增强子数据资源方面得回探求效果好色电影院,并以“一个抽象的超等增强子数据资源”为题,于10月31日发表在《核酸探求》(Nucleic Acids Research)上。
超等增强子(Super-enhancer,SE)是基因组中广泛增强子富集的转录调控区域,省略大幅度地激活基因的抒发,且具有较高的组织特异性,在发育、肿瘤等历程中均饰演着要紧的变装。为了鞭策超等增强子关系探求的弘扬和长远,课题组建树了最新版块的超等增强子数据库SEAv.3.0,集超等增强子查询、下载、可视化、分析于一体的抽象平台,提供表率查询、基因组浏览器、个性化分析用具和SEs数据下载。数据库存储了11个物种164,545个超等增强子(东说念主、小鼠、果蝇、线虫、斑马鱼、鸡、黑猩猩、恒河猴、绵羊、非洲爪蟾和棘背鱼)以及3,361,785个典型增强子。同期提供超等增强子区域的染色质互相作用、SNPs、转录因子结合位点和SpCas9靶位点的信息。镶嵌基于香农熵的用具用于评估SEs细胞类型的特异性。探求东说念主员通过SEA v.3.0的基因组浏览器,可杀青基于Hi-C数据的SEs空间交互可视化以及SEs关系基因的在线功能富集分析。张岩评释指出:“超等增强子手脚细胞识别基因的要紧调控子,其调控机制的长远贯通将有助于揭示干细胞多能性、定向分化和癌症要紧的调控子。关于具体癌症类型中的超等增强子的识别和长远分析将为个体医疗提供要紧的靶标。SEA v.3.0提供了跨多个物种的扫数可用SE信息的全面数据库,并将促进超等增强子的探求,终点是与发育和疾病关系的探求。”
张岩评释为该论文的通信作家好色电影院,博士探求生陈传庚、周殿双为比肩第一作家。本名目得到国度当然科学基金委名目、哈工约略紧科研名目培植计较等资助。
论文衔尾:https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkz1028/5610346